1. Inštalácia

Inštalačný program RStudio by sa mal stiahnuť z oficiálnej webovej stránky projektu. RStudio je možné nainštalovať na Osobný počítač a na serveri spravovanom Linuxom. Nižšie hovoríme o verzii programu pre osobné počítače.

Inštalačné programy RStudio sú dostupné pre všetky najbežnejšie operačné systémy vrátane Windows XP/Vista/7, Mac OS X 10.5, Debian 6+/Ubuntu 10.04 a Fedora 13. Vyberte príslušný súbor zo zoznamu a stiahnite si ho. Inštalácia je štandardná, bez akýchkoľvek špeciálnych funkcií.

2. Práca s konzolou

2.1. všeobecné informácie

RStudio Console (Console) poskytuje celý riadok možnosti, vďaka ktorým je práca s R jednoduchá a produktívna. Zvládnutie týchto možností spolu s funkciami dostupnými na paneloch Zdroj (Editor kódu) a História (História) môže viac než splatiť čas strávený učením.

2.2. Dokončenie kódu

RStudio podporuje automatické dopĺňanie kódu pomocou klávesu Tab. Napríklad, ak sa v pracovnom priestore nachádza objekt s názvom pollResults , potom môžete zadať poll , stlačiť Tab a RStudio automaticky doplní názov tohto objektu. Podobne môžete získať popisy funkcií zadaním ich názvov. Napríklad zadaním názvu podfunkcie a stlačením klávesu Tab dostaneme nasledovné:

Dokončenie kódu funguje aj pre argumenty funkcií; ak napríklad napíšete subset( a stlačíte Tab, dostanete:

2.3. Návrat k predchádzajúcim príkazom

Pri práci s R je vždy potrebné znova vykonať jeden alebo iný príkaz, ktorý už bol vykonaný predtým. Rovnako ako štandardná konzola R, aj konzola RStudio podporuje možnosť navigácie cez predtým vykonané príkazy pomocou klávesov so šípkami.

Môžete tiež použiť klávesovú skratku Ctrl+Up (Command-Up na počítačoch Mac) na zobrazenie zoznamu naposledy vykonaných príkazov a na výber konkrétneho príkazu z tohto zoznamu:

Rovnaká klávesová skratka je vhodná aj na rýchle vyhľadávanie predtým volaných funkcií, ktoré majú v názve špecifickú predponu. Ak chcete napríklad vyhľadať funkcie, ktoré majú vo svojom názve plot, stačí zadať plot a stlačiť Ctrl+Up:

2.4. Názov okna konzoly

V záhlaví okna konzoly je niekoľko ďalších možností:

• Zobraziť pracovný adresár.
• Možnosť prerušenia výpočtov prúdu.
• Minimalizácia a maximalizácia okna konzoly vo vzťahu k panelu Editor kódu (zdroj) (pomocou tlačidiel vpravo hornom rohu alebo dvojitým kliknutím na názov okna).

2.5. Klávesové skratky

Ctrl+L – vymaže okno konzoly od textu

Esc - preruší výpočty

3. Úprava a spustenie kódu

3.1. všeobecné informácie

Editor kódu RStudio obsahuje celý rad možností produktivity, ako je zvýraznenie kódu, dokončenie kódu, úprava viacerých súborov a vyhľadávanie a nahradzovanie. určité časti kód.

Okrem toho má RStudio flexibilitu spúšťať kód priamo z okna editora. Pre mnohých používateľov je to preferovaný spôsob práce s R. Spúšťanie príkazov z okna Editor kódu namiesto príkazový riadok Konzoly uľahčujú prehrávanie rovnakých príkazov a umožňujú „zabaliť“ takéto príkazy do jedinej funkcie pre neskoršie použitie.

3.2. Správa súborov

RStudio podporuje zvýrazňovanie syntaxe a ďalšie špecializované možnosti pre prácu s kódom nasledujúcich typov súborov:

• R skripty
• Sweave dokumenty
• TeXové dokumenty

Ak chcete vytvoriť nový súbor, použite ponuku Súbor -> Nový:

Ak chcete otvoriť existujúci súbor, musíte použiť ponuku Súbor -> Otvoriť alebo Otvoriť posledné (napr otvorenie súboru, s práce, ktoré sa nedávno vykonali). Ak je otvorených niekoľko súborov súčasne, rýchly prechod z jedného dokumentu do druhého sa vykoná pomocou príslušných kariet v hornej časti okna editora kódu. Na navigáciu medzi veľkým počtom otvorených súborov použite ikonu >> v pravej hornej časti okna Editora; môžete použiť aj ponuku Zobraziť -> Prepnúť na.

3.3. Dokončenie kódu

Ako je uvedené vyššie pri práci s konzolou, RStudio podporuje automatické dopĺňanie kódu pomocou klávesu Tab. Napríklad, ak sa v pracovnom priestore nachádza objekt s názvom pollResults , potom môžete zadať poll , stlačiť Tab a RStudio automaticky doplní názov tohto objektu.

3.4. Hľadanie a nahradenie častí kódu

Editor kódu RStudio má schopnosť nájsť a nahradiť časti textu, ktoré potrebujete. Ak chcete vykonať túto operáciu, musíte použiť klávesovú skratku Ctrl + F alebo časť ponuky Upraviť -> Nájsť a nahradiť. V hornej časti okna editora sa nachádza tlačidlo v podobe lupy – jeho stlačením sa zároveň otvorí dialógové okno, v ktorom sa nastavujú parametre vyhľadávania.

3.5. Automatické vytváranie funkcií

Editor kódu RStudio dokáže analyzovať výber textu a automaticky ho previesť na funkciu, ktorú možno neskôr znova použiť. Všetky „voľné“ premenné vo zvýraznenom kóde (t. j. objekty, na ktoré sa odkazuje, ale nie sú vytvorené v rámci výberu) sa skonvertujú na argumenty funkcie:

3.6. Komentovanie kódu

Ak chcete komentovať vybrané časti kódu (alebo odstrániť komentáre), použite položku ponuky Upraviť -> Riadky komentárov/Odkomentovať (pozri aj obrázok nižšie):

3.7. Spustenie kódu

RStudio podporuje spúšťanie kódu priamo z okna Editora (vykonané príkazy sa odosielajú do konzoly, kde sa zobrazí aj výsledok ich vykonania).

Ak chcete spustiť aktuálny riadok kódu, môžete použiť kombináciu klávesov Ctrl+Enter alebo tlačidlo Run Line(s) umiestnené v hornej časti okna Editora:

Existujú dve možnosti na spustenie viacerých riadkov kódu súčasne:

• Vyberte požadované riadky a stlačte Ctrl+Enter (alebo použite tlačidlo Run Line(s) umiestnené v hornej časti okna Editora);
• Stlačením Ctrl+Shift+Enter spustíte všetky riadky v skripte.

3.8. Klávesové skratky

Ctrl+Shift+N - vytvorenie nového dokumentu

Ctrl+O - otvorenie dokumentu

4. Navigácia pomocou kódu

4.1. všeobecné informácie

RStudio obsahuje množstvo možností, ktoré vám umožňujú rýchlo prechádzať R kódom. Naučiť sa tieto možnosti môže viesť k výraznému zvýšeniu efektivity práce, ako aj k lepšiemu pochopeniu kódu napísaného inými.

4.2. Skok na súbor alebo funkciu

Ak poznáte názov súboru skriptu alebo názov funkcie, môžete ho rýchlo nájsť pomocou vyhľadávacieho poľa Prejsť na súbor/funkciu na hlavnom paneli nástrojov RStudio:

Možnosť „Prejsť na súbor/funkciu“ funguje tak, že kód, ktorý vytvoríte, neustále indexuje. Konkrétne súbory, ktoré sa majú indexovať, sú definované takto:

• Ak je aktívny akýkoľvek projekt RStudio: všetky súbory v priečinku tohto projektu sú indexované;
• Ak projekt nie je aktívny: Všetky otvorené projekty sú indexované tento moment súbory s R-skriptom.

Klávesové skratky na volanie možnosti Prejsť na súbor/funkciu: Ctrl+

4.3. Prejsť na definíciu funkcie

Vďaka priebežnej indexácii R kódu (pozri vyššie) vám RStudio môže pomôcť nájsť definíciu ľubovoľnej funkcie. Ak chcete prejsť na kód funkcie, umiestnite kurzor myši na jeho názov (nemusíte ho vybrať celý) a vyberte príkaz Prejsť na definíciu funkcie:

Na definíciu funkcie môžete prejsť aj nasledujúcimi spôsobmi:

• Použitím klávesová skratka F2.
• Pomocou Ctrl + kliknite na názov funkcie.
• Pomocou editora kódu alebo konzoly.

Je možné prejsť na definíciu nielen vlastných funkcií, ale aj funkcií z ľubovoľného balíka R. Kód funkcie z doplnkových balíkov R sa zobrazuje v špeciálnom prehliadači zdrojový kód(panel Prehliadač zdrojov) a je len na čítanie.

4.4. Navigácia pomocou skriptu

Existuje niekoľko spôsobov, ako prechádzať kódom uloženým ako skript v samostatnom súbore:

• Voľba „Prejsť na súbor/funkciu“ opísaná vyššie vám umožňuje vyhľadávať v rámci otvorený súbor so scenárom
• Príkaz Prejsť na riadok sa používa na preskočenie na konkrétny riadok v skripte.

Môžete tiež použiť možnosti z príslušnej ponuky (Nástroje kódu):

4.5. Obojsmerná kódová navigácia

Pri prechádzaní kódom (najmä pri postupnom prechode z jednej funkcie na druhú) je často potrebné rýchlo sa vrátiť na predchádzajúce miesto, kde ste kód upravovali. RStudio uchováva zoznam týchto úprav a umožňuje vám presúvať sa z jednej do druhej ľubovoľným smerom pomocou príkazov Späť (Späť) a Dopredu (Dopredu) (dostupné z ponuky Úpravy (Úpravy), ako aj v ľavom hornom rohu okno Editor kódu). Príkazy Späť a Dopredu vám umožňujú opakovať nasledujúce akcie:

• Otvorenie dokumentu (alebo prepínanie medzi záložkami)
• Prejsť na definíciu funkcie
• Prejsť na konkrétny riadok kódu
• Prechod na funkciu pomocou ponuky funkcií

Príkazy Späť a Vpred je možné vyvolať pomocou klávesových skratiek Ctrl+F9 / Ctrl+F10 (Cmd+F9 / Cmd+F10 na počítačoch Mac).

5. Používanie histórie príkazov

5.1. všeobecné informácie

Za behu programu RStudio vytvorí databázu všetkých príkazov, ktoré používateľ zadá do konzoly. Túto databázu môžete zobraziť pomocou panela História.

5.2. Prehľad histórie príkazov

Záložka História v jednom zo servisných panelov RStudio sa používa na zobrazenie histórie predtým vykonaných príkazov. Príkazy sa zobrazujú v poradí, v akom boli vykonané (posledné príkazy sú v spodnej časti zoznamu) a zoskupené podľa času:

5.3. Hľadať v histórii príkazov

V pravom hornom rohu zoznamu predtým vykonaných príkazov sa nachádza pole na zadanie vyhľadávacie dopyty(napr. zápletka). Podmienky vyhľadávania je možné zadať zadaním niekoľkých slov oddelených medzerami (napríklad názov nejakej tabuľky s údajmi):

Keď nájdete príkaz, ktorý potrebujete, môžete zobraziť aj ďalšie príkazy, ktoré boli spustené v rovnakom čase. Ak to chcete urobiť, kliknite na šípku umiestnenú napravo od času vykonania príslušného príkazu:

5.4. Vykonanie príkazu

Príkazy na paneli História možno vyberať a používať dvoma spôsobmi (podľa názvov dvoch tlačidiel v ľavej hornej časti panela):

• Odoslať do konzoly – odošle vybrané príkazy do konzoly. Upozorňujeme však, že príkazy odoslané do konzoly sa nevykonajú, kým nestlačíte kláves Enter.
• Odoslať do zdroja – odošle vybrané príkazy do aktívneho dokumentu editora kódu. Ak Editor momentálne nemá žiadne aktívne otvorené dokumenty, vytvorí sa nový nepomenovaný dokument.

V zozname predtým vykonaných príkazov je možné vybrať jeden alebo viac riadkov:

6. Pracovné adresáre a pracovné priestory

6.1. všeobecné informácie

Vzhľadom na to, ako R štandardne narába so súbormi .RData a ich pracovnými priestormi, má zmysel organizovať prácu tak, aby boli súbory z rôznych projektov uložené v rôzne priečinky. Nižšie uvedený materiál popisuje možnosti dostupné v RStudio na organizáciu takéhoto pracovného modelu.

6.2. Predvolený pracovný adresár

Podobne ako štandardná verzia R, aj RStudio sa riadi princípom „pôvodného pracovného adresára“. Zvyčajne ide o domovský priečinok používateľa. Pri spustení RStudio sa stane toto:

• Spustí súbor .Rprofile (ak existuje) zo zdroja pracovný priečinok.
• Načíta súbor .RData (ak existuje) z tohto priečinka do pracovného priestoru R.
• Vykonajte ďalšie akcie popísané v servisnom súbore R začiatok.

Ak boli v pracovnom priestore vykonané zmeny, po ukončení RStudio sa zobrazí dialógové okno s otázkou, či sa má pracovný priestor uložiť ako súbor .RData v aktuálnom pracovnom priečinku. Toto správanie je možné zmeniť v nastaveniach RStudio (menu Nástroje -> Možnosti -> R Všeobecné) takto:

• Zmeniť počiatočný pracovný adresár
• Aktivovať/deaktivovať automatické sťahovanie.RData súbor z pôvodného pracovného priečinka R (obnoviť .RData do pracovného priestoru pri spustení)
• Vyberte, či chcete súbor .RData ukladať vždy (Vždy), nikdy (Nikdy) alebo sa opýtať na uloženie pri vypínaní (Opýtať sa).

6.3. Zmena pracovného adresára

Aktuálny pracovný adresár je zobrazený v hornej časti okna konzoly. Existuje niekoľko spôsobov, ako zmeniť pracovný adresár:

• použiť funkciu setwd()
• Použite časť ponuky Nástroje -> Zmeniť pracovný adresár...
• Na karte Súbory vyberte Viac -> Nastaviť ako pracovný adresár

Uvedomte si možné dôsledky zmeny pracovného priečinka:

• Dostupné v kóde relatívne odkazy súbory sa stanú neplatnými.
• Po dokončení sa súbor .RData uloží do nového priečinka.

Keďže tieto vedľajšie účinky môžu viesť k chybám vykonávania kódu, odporúča sa, aby ste začali z priečinka zodpovedajúceho aktuálnemu projektu a nemenili ho, kým sa relácia neskončí.

Ak sú všetky súbory relevantné pre konkrétny projekt uložené v rovnakom priečinku, má zmysel urobiť z neho zdrojový priečinok pre R. Spôsoby, ako to urobiť, sa budú líšiť v závislosti od operačný systém. Na všetkých platformách ho však inštalácia RStudia priradí k súborom .RData , .R a iným súborom súvisiacim s R. Pri otváraní takýchto súborov RStudio automaticky nastaví pracovný priečinok na ten, v ktorom je uložený otváraný súbor. Majte však na pamäti, že ak je RStudio už spustené, otvorenie nových súborov s ním spojených nezmení pracovný adresár.

Nasledujúce príkazy možno použiť na uloženie pracovného priestoru do pracovného priečinka R alebo načítanie priestoru z pracovného priečinka počas aktívnej relácie RStudio:

Majte na pamäti, že funkcia load() pridá načítaný pracovný priestor k aktuálnemu. Preto, ak existujú objekty s rovnakým názvom v aktívnom a zaťažovacom priestore, potom objekty v zaťažovacom priestore nahradia objekty s rovnakým názvom v aktívnom priestore. To môže viesť k nežiaducim následkom. Preto pred načítaním nového pracovného priestoru môže mať zmysel vyčistiť aktívny priestor. To možno vykonať pomocou nasledujúceho príkazu:

Karta Pracovný priestor má tiež možnosti na vykonávanie operácií popísaných vyššie:

Načíta projekt a zobrazí jeho názov na paneli s nástrojmi Projekty (nachádza sa v pravom hornom rohu pracovného okna programu).

7.3. Práca s projektmi

Otvorenie projektu

Existuje niekoľko spôsobov, ako otvoriť projekty:

• Pomocou príkazu Otvoriť projekt, ktorý je dostupný na karte Projekty v hlavnej ponuke a na paneli s nástrojmi, prejdite na predtým vytvorený súbor projektu (napríklad MyProject.Rproj).
• Výber projektu zo zoznamu naposledy upravených projektov (táto možnosť je dostupná aj na karte Projekty v hlavnom menu a na paneli nástrojov).
• Dvakrát kliknite na súbor skratky projektu (pozri vyššie).

Keď otvoríte projekt v RStudio, vykonajú sa tieto kroky:

• Spustí sa nová relácia R;
• Príkazy sa vykonávajú zo servisného súboru.Rprofile (ak je nejaký v hlavnom priečinku projektu);
• Súbor .Rhistory sa načíta z priečinka projektu do panelu História a používa sa na navigáciu medzi predtým vykonanými príkazmi;
• Adresár projektu sa stane pracovným adresárom R;
• Editor kódu otvára predtým upravené skripty s R-kódom.
• Toto resetuje ostatné nastavenia RStudia (ako sú aktívne záložky, oddeľovače okien atď.) do stavu, v ktorom boli pred posledným zatvorením projektu.

Ukončenie projektu

Keď vyberiete príkaz Ukončiť R zo sekcie Súbor hlavnej ponuky, príkaz Zavrieť projekt z panela nástrojov Projekt alebo jednoducho otvoríte nový projekt, stane sa nasledovné:

• Súbory .RData a/alebo .Rhistory sa zapisujú do priečinka projektu (ak to aktuálne nastavenia programu umožňujú);
• Zoznam skriptov zahrnutých v projekte sa uloží, aby ste ich mohli nabudúce otvoriť;
• Uloží ostatné nastavenia RStudio (pozri vyššie);
• Aktuálna relácia R sa končí.

Práca s viacerými projektmi súčasne

Môžete pracovať na viacerých projektoch súčasne jednoduchým spustením príslušného počtu kópií RStudia. To možno vykonať dvoma spôsobmi:

• Použite príkaz Otvoriť projekt v novom okne, ktorý sa nachádza v časti Projekt hlavnej ponuky.
• Otvorte viacero projektov z prehliadača súborov kliknutím na príslušné skratky.

Nastavenie projektov

Existuje niekoľko možností na prispôsobenie správania každého konkrétneho projektu v RStudio. Tieto možnosti sú dostupné pomocou príkazu Možnosti projektu v časti Projekt v hlavnej ponuke programu:

Záložka Všeobecné (generál): Pomocou tejto karty môžete zmeniť globálne nastavenia správania sa projektov. Ak ich nepotrebujete meniť, ponechajte hodnotu Default (Default). K dispozícii sú nasledujúce možnosti:

• Obnoviť .RData do pracovného priestoru pri štarte – Načíta súbor .RData (ak existuje) z pôvodného pracovného adresára R. Ak je súbor .RData veľký, túto možnosť je najlepšie nastaviť na „Nie“. To výrazne skráti čas spustenia programu.
• Uložiť pracovný priestor do .RData pri ukončení - uloženie pracovného priestoru ako súboru .RData pri ukončení programu. Možné možnosti: "Predvolené" (používajú sa globálne nastavenia), "Áno" (Áno), "Nie" (Nie) a "Spýtať sa" (Spýtať sa). Všimnite si, že ak pracovný priestor nebol upravený, nebudete vyzvaní na uloženie zmien, aj keď je nastavená hodnota "Ask".
• Vždy ukladať históriu (aj keď neukladáte .RData) – umožňuje vám zabezpečiť, aby sa súbor .Rhistory s históriou príkazov vždy uložil, aj keď sa pri ukončení programu rozhodnete neukladať súbor .RData.

Úprava záložiek(Úprava):

• Indexovať zdrojové súbory R – umožňuje vytvárať skripty R-kódu z konkrétneho projektu indexované pre navigáciu v kóde (pozri vyššie). Za normálnych okolností by mala byť táto možnosť povolená, ale ak sú v priečinku projektu "tisíce" súborov, túto možnosť možno vypnúť, aby nedošlo k spomaleniu programu.
• Vložiť medzery pre tabulátor - nastavuje činnosť klávesu Tab, t.j. koľko medzier sa má objaviť po stlačení.
• Kódovanie textu – nastavuje kódovanie textu v súboroch skriptov. Súbory, ktorých kódovanie sa nezhoduje so zadaným kódom, možno stále otvoriť a správne rozpoznať pomocou príkazu Znovu otvoriť s kódovaním z ponuky Súbor.

Záložka Kontrola verzií(Kontrola verzií):

• Systém kontroly verzií – umožňuje určiť systém, ktorý sa bude používať na kontrolu verzií. RStudio automaticky zistí prítomnosť kontroly verzií skenovaním priečinka .git alebo .svn. Preto by sa toto nastavenie nemalo meniť. Dôvody na vykonanie zmien môžu zahŕňať:

1. Projekt má priečinok .git aj priečinok .svn a vy chcete jednoznačne určiť, ktorý riadiaci systém sa má použiť.
2. Projekt nie je prepojený so žiadnym systémom na správu verzií a chcete pridať logické úložisko git (ekvivalent spustenia git init z koreňového priečinka projektu).

• Pôvod – zobrazenie pôvodu systému správy verzií.

Pri práci s R skriptom ho možno budete chcieť aktualizovať automaticky. Balík „taskscheduleR“ pomáha nastaviť plán spúšťania R skriptu v Pláne úloh systému Windows denne, týždenne, každých N minút, po Spustenie systému Windows a tak ďalej.

1. Nainštalujte knižnicu balíkov „taskscheduleR“(devtools) install.packages("devtools") install_github("jwijffels/taskscheduleR") knižnicu(taskscheduleR)

   Používame balík „devtools“, ktorý vám umožňuje sťahovať a inštalovať balíčky priamo z GitHubu.

2. Ďalej, na konfiguráciu spustenia skriptu môžete použiť buď interaktívnu konfiguráciu prostredníctvom formulára, alebo napísaním niekoľkých riadkov kódu.

Nastavenie plánu R skriptu v Plánovači úloh prostredníctvom doplnkov:

Nastavenie plánu R skriptu pomocou funkcií balíka taskcheduleR:

Vlastnosti balíka:

• Získajte zoznam všetkých úloh v Plánovači úloh systému Windows
• Odstráňte úlohu z Plánovača úloh systému Windows
• Pridajte úlohu spustenia R skriptu
  • K dispozícii sú nasledujúce plány: 'RAZ', 'MESAČNE', 'WEEKLY', 'DAILY', 'HOURLY', 'MINUTE', 'ONLOGON', 'ONIDLE'

## Zadajte názov súboru skriptu R pre ďalšiu prácu s ním myscript<- system.file("extdata", "helloworld.R", package = "taskscheduleR") ## Запуск скрипта разово через 35 секунд taskscheduler_create(taskname = "myscript", rscript = myscript, schedule = "ONCE", starttime = format(Sys.time() + 35, "%H:%M")) ## Запуск скрипта ежедневно в 10:15, начиная с завтрашнего дня ## Важно: необходимо поменять формат даты, если он не совпадает с тем, что стоит на компьютере (пример: %m/%d/%Y) taskscheduler_create(taskname = "myscriptdaily", rscript = myscript, schedule = "DAILY", starttime = "10:15", startdate = format(Sys.Date()+1, "%d/%m/%Y")) ## Запуск скрипта каждую неделю в 10:15 по понедельникам taskscheduler_create(taskname = "myscript_mon", rscript = myscript, schedule = "WEEKLY", starttime = "10:15", days = "MON") ## Запуск каждые 5 минут, начиная с 10:15 taskscheduler_create(taskname = "myscript_5min", rscript = myscript, schedule = "MINUTE", starttime = "10:15", modifier = 5) ## Получить data.frame со всеми задачами tasks <- taskscheduler_ls() str(tasks) ## Удалить задачи taskscheduler_delete(taskname = "myscript") taskscheduler_delete(taskname = "myscriptdaily") taskscheduler_delete(taskname = "myscript_,mon") taskscheduler_delete(taskname = "myscript_5min") taskscheduler_delete(taskname = "myscript_withargs_a") taskscheduler_delete(taskname = "myscript_withargs_b")

Čomu venujeme pozornosť:

• Formát dátumu. Musí zodpovedať formátu dátumu v počítači. V opačnom prípade dostaneme buď chybu v nastavení plánu spúšťania skriptu, alebo úplne iný dátum.
• Počítačová činnosť. Pri spustení skriptu musí byť počítač zapnutý.
• Dostupnosť iných plánov skriptov. Pri nastavovaní nového plánu s rovnakým názvom sa predchádzajúci plán vymaže.

Na spustenie skriptu ako asynchrónneho procesu na pozadí môžete použiť system() a Rscript:

systém ( "Rscript -e "zdroj(\"váš-skript.R\")"", počkajte = FALSE ) ... save.image ("script-output.RData" ) cat ("Skript dokončený\n\n" )

Dúfam, že to pomôže!

Chcem spustiť skript R na pozadí z konzoly R.

Z konzoly zvyčajne spúšťam skript R ako zdroj ("~/.active-rstudio-document"). Aby som mohol pokračovať v práci, musím počkať, kým sa skript nedokončí. Namiesto toho chcem, aby sa R ​​spúšťal na pozadí, kým Môžem pokračovať v práci v konzole. Tiež musím byť nejakým spôsobom upozornený, keď R ukončí zdrojový príkaz. Je to možné v R?

To môže byť celkom užitočné, pretože často vidíme, že práca trvá dlho.

PS - Chcem, aby pôvodný skript bežal v rovnakom pamäťovom priestore, nie nový. Takže riešenia ako fork, system atď mi nebudú fungovať. Vidím, či môžem spustiť skript R ako samostatné vlákno a nie ako samostatný proces.

R je populárny programovací jazyk s otvoreným zdrojovým kódom, ktorý sa špecializuje na štatistické výpočty a grafy. Štatistici ho široko používajú na vývoj štatistického softvéru a analýzu údajov. Jednou zo silných stránok R je jeho rozšíriteľnosť. Používatelia môžu vytvárať a publikovať svoje vlastné balíčky. R Komunita je veľmi aktívna a neustále sa pridávajú vlastné štatistické balíky pre špecifické oblasti vedy. Vďaka čomu je R použiteľný v mnohých oblastiach.

CRAN (Comprehensive R Archive Network) je súbor stránok (zrkadiel), ktoré sú hostiteľmi mnohých balíčkov a samotných distribúcií R. R si môžete stiahnuť z ktorejkoľvek z nich, ale použijeme RStudio.

V tejto príručke sa dozviete, ako nainštalovať a nakonfigurovať R na Ubuntu 14.04. Väčšina pokynov bude fungovať pre iné operačné systémy, je potrebné zmeniť len niekoľko príkazov. Všetko o všetkom by vám nemalo zabrať viac ako 10-15 minút.

Samozrejme, budeme potrebovať Ubuntu 14.04, keďže na to je určený článok a 1 gigabajt RAM v systéme. Ak nie je dostatok pamäte, musíte pripojiť odkladací oddiel.

Všetky príkazy sa vykonávajú ako bežný používateľ, ak je potrebný prístup root, použijeme sudo.

Príprava systému

Na inštaláciu R použijeme APT (Advanced Packaging Tool). Používa špeciálny súbor na uloženie zoznamu zdrojov, z ktorých sa budú sťahovať balíčky. Toto je /etc/apt/sources.list. Ak chceme získať najnovšiu verziu R, musíme do zoznamu zdrojov pridať správne úložisko. Ak to chcete urobiť, pridajte nasledujúci riadok do /etc/apt/sources.list, v Ubuntu 14.04 to bude vyzerať takto, ale pre ostatné verzie to bude iné:

sudo sh -c 'echo "deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/" >> /etc/apt/sources.list'

Úložisko pre vašu verziu operačného systému nájdete tam

Na inštaláciu balíkov z tohto úložiska do APT musíme pridať jeho verejný kľúč. V Ubuntu je CRAN podpísaný kľúčom s ID E084DAB9. Pridajte ho do systému:

gpg -keyserver keyserver.ubuntu.com -recv-key E084DAB9

A potom v apt:

gpg -a -export E084DAB9 | sudo apt key add -

R inštalácia

Teraz, keď je APT správne nakonfigurovaný, môžeme prejsť k inštalácii.

Najprv musíme aktualizovať zoznam dostupných balíkov, pretože sme zmenili zdroje:

aktualizácia sudo apt-get

Teraz môžeme nainštalovať R. Príznak y automaticky potvrdí inštaláciu programu:

sudo apt-get -y nainštalujte r-base

Teraz máte vo svojom systéme nainštalovanú najnovšiu verziu R. Môžete ju otestovať spustením:

Uvidíte niečo podobné ako toto:

R verzia 3.2.1 (2015-06-18) - "Svetovo známy astronaut"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platforma: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R je bezplatný softvér a je dodávaný s ABSOLÚTNE BEZ ZÁRUKY.
Za určitých podmienok ho môžete ďalej distribuovať.
Podrobnosti o distribúcii získate zadaním „licence()“ alebo „licence()“.

Podpora prirodzeného jazyka, ale beží v anglickom jazyku

R je projekt spolupráce s mnohými prispievateľmi.
Ak chcete získať ďalšie informácie, zadajte „contributors()“.
„citation()“ o tom, ako citovať balíky R alebo R v publikáciách.

Napíšte 'demo()' pre niektoré ukážky, 'help()' pre online pomoc, alebo
'help.start()' pre rozhranie prehliadača HTML, ktoré vám pomôže.
Ak chcete ukončiť R, napíšte „q()“.

Teraz ste v interaktívnej konzole R a môžete vykonávať ľubovoľné príkazy R. Na ukončenie použite funkciu:

> q(uložiť = "nie")

Inštalácia balíkov R z CRAN

Štandardne R nainštaluje niekoľko štandardných balíkov, ale možno budete chcieť nainštalovať ďalšie balíky. Na to potrebujete aspoň 1 GB RAM.

Ako už bolo spomenuté, CRAN je hostiteľom nielen samotného R, ale aj mnohých ďalších balíkov. Ak chcete nainštalovať alebo aktualizovať balíky z CRAN, musíte použiť funkciu R install.packages(). Napríklad, ak chcete nainštalovať balík, použite nasledujúci príkaz:

> install.packages("balík")

Stojí za zmienku, že balík sa nainštaluje iba pre aktuálneho používateľa a nebude dostupný pre ostatných.

Môžete tiež nainštalovať balík R pre všetkých používateľov, na to musíte použiť práva superužívateľa. Ako príklad si nainštalujte lesklý balík, ktorý je veľmi populárny medzi vývojármi webových aplikácií R. Jedným zo spôsobov, ako nainštalovať balík ako root, je prihlásiť sa ako root, spustiť R a zavolať funkciu install.packages(). Ale to sa neodporúča. Môžeme jednoducho spustiť príkaz R pomocou sudo. Parameter repo určuje, z ktorého úložiska sa balík stiahne.

sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos = 'http://cran.rstudio.com/')\""

Balíček bude teraz dostupný pre všetkých používateľov. Skontrolujme to. Spustiť R:

Stiahnite si balík:

> knižnica (lesklá)

Ako vidíte, príkaz nevygeneroval žiadne chyby. Teraz zatvorte R:

> q(uložiť = "nie")

Inštalácia balíka DevTools

Balíky hostené na CRAN možno nainštalovať pomocou funkcie install.packages(), ale na GitHub je oveľa viac balíkov. Ak chcete nainštalovať balíky R z Github, musíte použiť balík DevTools. Poďme to nainštalovať. Balík vyžaduje na fungovanie tri knižnice libcurl4-gnutils-dev, libxml2-dev a libssl-devc, nainštalujte ich:

sudo apt-get -y nainštalovať libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

Teraz môžete nainštalovať devtools. Nezabudnite, že je potrebné nastaviť pre všetkých používateľov, ako je popísané vyššie.

sudo su - -c "R -e \"install.packages('devtools', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

Inštalácia devtools bude trvať niekoľko minút.

Inštalácia balíkov R z GitHub

Teraz, keď je nainštalovaný nástroj DevTools, môžeme nainštalovať ľubovoľný balík z GitHubu pomocou funkcie install_github(). Rovnako ako pri inštalácii z CRAN, musíte príkaz spustiť ako root, aby ste nainštalovali balíky pre všetkých používateľov. Skúsme nainštalovať shinyjs z GitHubu, ktorý pridáva funkčnosť do lesklého balíka. Balík na GitHub je identifikovaný jeho autorom a názvom:

sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('daattali/shinyjs')\""

Skontrolujeme, či je shinyjs správne nainštalovaný stiahnutím. Spustiť R:

Skúste si stiahnuť shinyjs:

> knižnica (shinyjs)

už viete, ako zatvoriť interpret R:

> q(uložiť = "nie")

Ďalšie kroky

Teraz máte vo svojom systéme nainštalovaný a nakonfigurovaný plne funkčný tlmočník jazyka R. Ďalšie informácie nájdete na stránke

Ak chcete vytvoriť premennú (napríklad x) a priradiť jej hodnotu (napríklad 1234), stačí zadať príkaz x=1234 . Teraz v ľubovoľných výrazoch bude názov premennej (v našom prípade x) automaticky nahradený hodnotou (v našom prípade je to 1234).

Ak chcete zistiť hodnotu premennej, stačí zadať názov premennej a R vráti jej hodnotu. Bude to vyzerať takto:
> x=1234
> x
1234

Priradením novej hodnoty premennej môžete použiť starú hodnotu, to znamená vytvárať konštrukcie ako
>a=5
> a
5
> a=a+3
> a
8

Je dôležité vedieť, že názvy premenných môžu pozostávať z latinských písmen, číslic a podčiarkovníkov (napríklad sú povolené tieto názvy: a, x, x1, a_x, O_o, the_Variable_with_Long_Name, a459x4h36J4lbgT62). V tomto prípade musí byť prvý znak písmeno! Nakoniec záleží na prípadoch, čo znamená, že RainForest a RainFORest sú rôzne premenné.

Vektory alebo ako pracovať s dátovými radmi?

Čo sú vektory v R?

Povedzme, že máme skupinu 5 ľudí a potrebujeme uložiť ich vek. Môžete vytvoriť napríklad päť premenných
> vek_1=25
> vek_2=20
> vek_3=9
> vek_4=44
> vek_5=37
Výhodnejšie je však vytvoriť jednu premennú, do ktorej umiestnite všetkých 5 hodnôt. Takáto séria údajov spojená jedným názvom, uložená v určitom poradí, je pole údajov alebo vektor.

Assign("age",c(25,20,9,44,37))
alebo skrátene: vek

Teraz možno každý jednotlivý prvok volať jeho sériovým číslom v sérii, napríklad štvrtý prvok možno získať takto:
> vek
44
S takýmito jednotlivými prvkami môžete vykonávať všetky rovnaké operácie ako s obyčajnými číslami.

Funkcia append alebo ako pridať prvky do existujúceho vektora?

Povedzme, že sa v našej skupine objavil ďalší človek, ktorého vek je 31 rokov. Môžeme znovu vytvoriť vekový vektor, ale teraz so šiestimi prvkami namiesto piatich. Existuje však aj iný spôsob - použiť funkciu pridania:
> pripojiť (vek,31)
25 20 9 44 37 31
Všimnite si, že by sme mohli vložiť viacero hodnôt zapamätaním si funkcie c():
> append(vek,c(31,33,35))
25 20 9 44 37 31 33 35

Funkcia tiež umožňuje vkladať prvky kamkoľvek do vektora pomocou parametra after. Štandardne je nastavené after=length(x), čo znamená, že prvky sa pridávajú na koniec. Ale povedzme, že chceme vložiť našu šiestu osobu za druhú:
> append(vek, 31, po=2)
25 20 31 9 44 37

Operácie s vektormi alebo čo sa dá robiť s vektormi?

Môžete pracovať so všetkými prvkami vektora súčasne. Takže pridanie čísla do vektora je ekvivalentné s pridaním tohto čísla ku každému prvku vektora. Alebo napríklad, ak chcete zobraziť, koľko desaťročí žili jednotlivé osoby z nášho príkladu, môžete to urobiť takto:
> vek/10
2.5 2.0 0.9 4.4 3.7

Podobne so sčítaním, odčítaním a ďalšími operáciami popísanými v odseku o

Ako porovnávať vektory, prvky vektorov?

Povedzme, že potrebujeme zistiť, ktoré prvky vektora (nech je to rovnaký vek) sú väčšie ako určité číslo (napríklad, ktorý z našej malej vzorky je dospelý). R pre každý prvok povie, či je podmienka pravdivá, t. j. TRUE (true) alebo FALSE (not true). Bude to vyzerať takto:
> vek
25 20 31 9 44 37
> vek >= 18
PRAVDA PRAVDA NEPRAVDA PRAVDA PRAVDA

Možno však budete musieť dostať jednu odpoveď, napríklad je pravda, že všetky prvky zodpovedajú podmienke? alebo sú vôbec nejaké prvky zodpovedajúce podmienke? Na tento účel používame dve funkcie, all() a any()

all(x1,x2,...,xn) - odpovedá na otázku, je pravda, že všetky podmienky (x1, x2, ... a xn) sú pravdivé? to znamená, že ide o logické spojenie. Napríklad:
> všetci (vek >= 7, vek PRAVDA
# naozaj, všetky subjekty nie sú mladšie ako sedem a mladšie ako šesťdesiat
> všetci (vek >=18, 1 > 0)
FALSE
# jednotka je síce samozrejme väčšia ako nula, ale medzi našimi predmetmi je jeden deviatak, preto to nie je pravda

any(x1,x2,...,xn) - odpovie na otázku, je aspoň jedna z podmienok (x1, x2, ..., xn) správna? to znamená, že ide o logickú disjunkciu. Príklad:
> ľubovoľný (vek >=18, 1 > 0)
PRAVDA

Nakoniec je možné porovnať dva vektory navzájom. Na to je však potrebné, aby dĺžka väčšieho bola násobkom dĺžky menšieho, alebo aby boli dĺžky rovnaké. Príklady:
> a > a > b
FALSE FALSE FALSE FALSE PRAVDA PRAVDA

Ako nastaviť postupnosť čísel?

• operátor:
• seq(od,do,podľa,dĺžky,pozdĺž) - vytvorí sekvenciu začínajúcu od, končiacu po krok za krokom. Dĺžku série môžete určiť pomocou parametra dĺžky alebo prirovnať dĺžku k inému vektoru pozdĺž . Argumenty: od, do, podľa, dĺžky, pozdĺž (rovnaká dĺžka ako...)
• rep(a, times, every) - opakujte vektor a krát krát alebo zakaždým každý prvok a. Argumenty: vektor, časy, každý

Triedenie

• sort(v,increating) - triedi vektor v; rastúce - boolovské, pravdivé - vzostupné, nepravdivé - klesajúce, môžete písať rastúce=klesajúce;
• objednať()